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Optimiser la détection virale par métagénomique clinique
Le diagnostic viral agnostique, sans a priori, peut être réalisé par des techniques de métagénomique clinique grâce au NGS. La pré-amplification est une technique optimisée pour la construction de banques d'acides nucléiques afin de faire face à la faible quantité de matériel génétique des virus, comparé à celui de l'hôte.
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La métagénomique clinique grâce au NGS (séquençage de nouvelle génération) est sollicitée en deuxième intention, en cas d'échec des examens de première ligne. « Nous pratiquons cette technique en routine dans le cadre d'une collaboration entre l'Institut Pasteur et l'hôpital Necker pour des recherches de pathogènes sur des échantillons cliniques reçus de toute la France », explique Béatrice Regnault, du laboratoire de découverte de pathogènes de l'Institut Pasteur. « Cependant, nous nous heurtons à une difficulté majeure : la faible charge en acides nucléiques viraux par rapport aux acides nucléiques de l'hôte dans ces échantillons ». Deux solutions existent pour tenter de pallier ce problème. La première consiste à pratiquer un séquençage très profond, afin de capturer les séquences virales au milieu de plusieurs dizaines de millions de « reads » (de courtes séquences obtenues par le séquenceur) correspondant aux...
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