Détection de pathogènes digestifs dans les selles par PCR

La recherche de pathogènes dans les selles par les approches moléculaires a complètement changé la donne dans le cadre d'une diarrhée infectieuse, cependant l'enjeu majeur reste de discriminer le portage de l'infection. Rappel de points importants et analyses de cas par le Dr Nicolas Benech, gastro-entérologue aux Hospices Civils de Lyon (HCL).

Noëlle Guillon, publié le 16 janvier 2024

Détection de pathogènes digestifs dans les selles par PCR
Les techniques moléculaires constituent un changement de paradigme pour l'analyse microbiologique des selles. Pour le diagnostic d'abord, la PCR multiplexe permet un gain de temps, avec un délai de rendu court (< 24 heures contre 3 à 5 jours pour la culture), un affranchissement de la dépendance à un certain nombre de conditions pré-analytiques et une augmentation du nombre de pathogènes ciblés et de la sensibilité des tests. C'est un changement de paradigme thérapeutique également ; en effet, avec 50 % des colites aigües sans étiologie identifiée, l'approche empirique reposant sur un traitement antibiotique probabiliste (la plupart du temps à l'azithromycine) a été remplacée par une multiplication des tests, une diminution du recours aux examens complémentaires (comme les endoscopies ou scanners) et une diminution de la consommation d'antibiotiques, avec une orientation plus rapide vers le bon traitement1. Infection ou...

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