Mettre en œuvre la métabolomique dans les laboratoires ?

Les docteures Marie Lenski et Audrey Le Gouellec coordonnent ensemble un groupe de travail « métabolomique clinique en biologie médicale », qui a vu le jour en septembre 2023 à la Société française de biologie clinique. Biologiste au CHU de Lille, Marie Lenski est également intervenue lors de la journée scientifique à Lyon, en mars. Le groupe de travail s’est fixé plusieurs objectifs, dont l’un des plus importants est d’évaluer les obstacles à la mise en œuvre de la métabolomique dans les laboratoires de biologie médicale et de recommander des solutions pour permettre son accessibilité. « Il faut surtout montrer l’intérêt de la métabolomique aux cliniciens, pour pouvoir répondre, justement, à une question clinique précise », estime la docteure Lenski.

De plus, les aspects logistiques doivent être ajustés à certaines contraintes de la réalité clinique, comme la collecte des échantillons, les phases pré-analytiques, les phases analytiques sur des spectromètres de masse ou par RMN, le traitement du signal qui est acquis par data science (science des données), puis l’interprétation des données. « La perspective est de donner des guidelines cliniques, puis de former des professionnels. Il faut aussi penser aux couts et aux investissements importants qui sont nécessaires, en particulier pour l’équipement et sa maintenance », indique Marie Lenski. Concernant la question de la prescription médicale et du remboursement, à l’heure actuelle, il existe une cotation en RIHN relatif au profil métabolique pour le diagnostic biologique de maladies héréditaires du métabolisme, avec un acte côté à 135 euros.

Au niveau technique, les outils utilisés doivent être puissants : RMN, spectrométrie de masse, chromatographie liquide ou chromatographie en phase gazeuse. « L’idée, conclut la chercheuse, est de pouvoir faire une association d’outils pour avoir une couverture maximale du métabolome. » L’une des perspectives du groupe de travail est de pouvoir mettre en place des plateformes certifiées pour réaliser ces analyses. En définitive, il faut savoir que, pour faire de la métabolomique, des expertises sont requises dans trois domaines : en biologie bien sûr, en matière d’analytique sur l’analyse des spectres de masse ou RMN, et enfin en data science. Il faudra aussi résoudre la complexité de l’interprétation des données. Une voie d’avenir, résolument, qui nécessite des compétences pointues…