Modification de la Nomenclature des actes de biologie médicale pour les actes de diagnostic biologique des infections à Clostridium difficile

Bactériologie

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Aucune des trois techniques actuellement inscrites à la NABM pour le diagnostic de C. difficile (test de cytotoxicité, test de culture toxigénique et test de détection direct des toxines dans les selles) ne présentent à la fois une sensibilité et une spécificité suffisantes pour pouvoir être utilisées seules dans le diagnostic d’une infection à C. difficile. Pour deux d’entre elles (test de cytotoxicité et test de culture toxigènique), les temps d’obtention des résultats sont en inadéquation avec la nécessité d’initiation rapide de l’antibiothérapie pour la prise en charge d’une infection à C. difficile. Une évaluation menée par la Haute autorité de Santé (HAS) a porté sur deux autres tests, non-inscrits sur la NABM : les TAANs et la détection de la GDH.

Par Steven DIAI, publié le 02 août 2016

Modification de la Nomenclature des actes de biologie médicale pour les actes de diagnostic biologique des infections à Clostridium difficile

Cette évaluation a consisté en une analyse critique de la littérature synthé- tique et le recueil de la position des organismes professionnels, interrogés comme parties prenantes. L’objectif de ce travail est d’évaluer la détection de la glutamate déshydrogénase du C. difficile avec une méthode immuno-enzymatique ou immuno-chromatographique et la détection de l’acide désoxyribonucléique de cette bactérie, plus spécifiquement celui codant pour les toxines A et / ou B, avec un test d’amplification des acides nucléiques, lorsque qu’une infection à C. difficile (ICD) est suspectée. Ce travail a été mené en vue de l’inscription à la liste des actes de biologie médicale, pris en charge par le système national d’assurance maladie en France.

La méthode a consisté à réaliser une analyse critique de la littérature synthétique identifiée (recommandations de bonne pratique, rapports d’évaluation technologique, revues systématiques et méta-analyses) après une recherche documentaire systématique et sélectionnée sur des critères de qualité méthodologique, puis à recueillir la position des organismes professionnels de santé concernés (médecine générale, hépato-gastro-entérologie, gériatrie, hygiéniste, infectiologie, biologie clinique, et laboratoire associé au Centre national de référence des bactéries anaérobies et du botulisme).

La synthèse des résultats de la littérature sectionnée et analysée, relatifs aux performances des TAANs et à la place des TAANs et du test de détection de la GDH dans le diagnostic d’une infection à C. difficile est la suivante :

• Les trois méta-analyses et le rapport d’évaluation technologique ont des conclusions convergentes avec une spécificité des TAANs proche de 1 (vs le test de cytotoxicité et/ou la culture toxigénique) et une sensibilité proche de 0,9 (vs ces mêmes tests de référence). Cependant, ces résultats sont à prendre avec précaution compte tenu de la faiblesse méthodologique ou du manque de description de la méthode d’élaboration des documents et des études sur lesquels ils sont fondés. En effet, la population incluse dans les études sélectionnées dans ces méta-analyses et ce rapport est insuffisamment renseignée et les études sélectionnées pré- sentent des hétérogénéités entres elles.

• Les quatre recommandations de bonne pratique incluent le test de détection de la GDH dans les examens de mise en évidence d’une ICD ; elles le présentent comme utile en tant que test de tri et devant être suivi, en cas de positivité, d’un ou deux autres tests (selon les algorithmes). Les TAANs sont également inclus dans ces recommandations mais uniquement les plus récentes et la place assignée à cet examen est très variable (unique examen, examen de première ligne, examen de confirmation). Il est à noter que ces RBP sont de faible qualité mé- thodologique (faible description de la méthode d’élaboration et manque de gradation des pré- conisations).

La synthèse de la position des organismes professionnels ayant répondu (biologie clinique, hygié- niste, hépato-gastro-entérologie et CNR) est la suivante : • Les TAANs et la détection de la GDH, font partie des outils diagnostiques participant à l’identification d’une ICD ; • il existe plusieurs stratégies diagnostiques possibles qui ne sont pas hiérarchisées, elles font intervenir ou non ces deux examens ; il est donc difficile de définir précisément la place de ces examens.

Les deux examens étudiés font partie des outils diagnostiques actuels valides d’identification d’une ICD. Il n’a cependant pas été possible de définir précisément leurs places dans la démarche diagnostique, notamment car plusieurs stratégies diagnostiques existent.

La détection de la glutamate déshydrogénase de C. difficile avec une méthode immuno-enzymatique ou immuno-chromatographique peut être utilisée uniquement comme examen de tri, devant être suivie en cas de résultat positif, d’un examen permettant de déterminer le caractère toxinogène du C. difficile ainsi identifié.

Les TAANs utilisés doivent cibler le gène de la toxine B et/ou de la partie conservée du gène de la toxine A deC. difficile pour reconnaître la quasi-totalité des souches, sachant qu’avec ce type de test :

– un résultat négatif ne doit notamment pas faire oublier la probabilité d’une infection à C. difficile due à une souche produisant la toxine binaire (codée par un gène spécifique) ;

– un résultat positif ne doit pas faire oublier la probabilité d’un portage asymptomatique d’une souche toxinogène de C. difficile ;

– un résultat positif ne permet pas d’identifier la souche 027, ce qui nécessite le ciblage de son gène régulateur.

En conséquence, le diagnostic doit être posé et la décision de traitement prise sur l’ensemble des données à la disposition du clinicien, et pas seulement sur le résultat du TAAN, qui doit faire l’objet d’un dialogue biologico-clinique. Les techniques de TAANs sont de type PCR (plus étudiée et plus utilisée) ou de type LAMP ; le résultat d’un TAAN est qualitatif.

Par ailleurs, l’indication de recherche de C. difficile est une suspicion d’ICD en cas de :

– diarrhée survenant post-antibiothérapie ;

– diarrhée nosocomiale ;

– diarrhée communautaire persistante et sans amélioration au-delà de 3 jours malgré le traitement symptomatique ou associée d’emblée à des signes de gravité, avec ou sans antibiothérapie ;

– colite pseudo-membraneuse.

La rédaction

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